Сыновья Меноккио, как мы убедимся ниже, сразу распознали в анонимном доносчике священника местного прихода, дона Одорико Вораи. Они не ошиблись. Между ним и Меноккио давно установилась вражда: Меноккио в течение четырех лет даже исповедоваться ходил в другую церковь. Правда, показания Вораи, заключавшие следственную часть процесса, были нарочито расплывчатыми: «Я в точности не помню, что он говорил — память у меня уже не та и других дел много». Ясно, что никто лучше него не мог осведомить инквизицию об истинном положении дел, однако генеральный викарий не стал настаивать. В этом не было нужды: именно Вораи по наущению другого священника, дона Оттавио Монтереале, из семьи местных синьоров, представил в инквизицию подробный донос, на основании которого генеральный викарий и формулировал в дальнейшем вопросы к свидетелям.
Эта враждебность местного духовенства легко объяснима. Как мы уже видели, Меноккио не признавал за церковной иерархией никакого авторитета в вопросах веры. «Ох, уж эти папы, прелаты, попы! Он говорил это с издевкой, потому что не верил им», — это свидетельство Доменико Мелькиори. Проповедуя день за днем на улицах и в трактирах, Меноккио не мог не подрывать авторитет приходского священника. Но о чем в конце концов были его речи?
Начнем с того, что он не только богохульствовал «без всякого удержу», но утверждал, что богохульство — не грех (как уточняет другой свидетель, это не грех в отношении святых, но грех в отношении Бога), добавляя не без сарказма: «у каждого свое ремесло — кто пашет, кто сеет, а кто Бога хулит». Далее, он выступал с весьма странными утверждениями, которые его односельчане доводили до сведения генерального викария в виде еще более туманном. К примеру: «воздух — это Бог, а земля — наша матерь»; «что, по-вашему, Бог? Бог — это малое дуновение и все то, что люди воображают»; «все, что мы видим, — это Бог, и мы тоже боги»; «небо, земля, море, воздух, бездна и ад — все это Бог»; «зря вы думаете, что Иисус Христос родился от девы Марии; такого быть не может, что она его родила и осталась непорочной: тут не обошлось без какого-нибудь доброго молодца». Наконец, он говорил, что у него есть запрещенные книги и, в частности, Библия на народном языке: «всегда он спорит то с тем, то с другим, и у него есть Библия на нашем языке, и он все из нее берет, и сбить его с точки никак нельзя».
Пока еще шел сбор свидетельств, Меноккио почувствовал, что дело неладно. Он отправился в Польчениго к Джованни Даниэле Мелькиори, местному викарию и своему другу с детства. Тот посоветовал ему самому явиться в инквизицию или, во всяком случае, явиться туда по первому требованию. Еще он ему посоветовал «подчиняться всему, что тебе скажут, говорить поменьше и особенно ни о чем не распространяться, только отвечать на вопросы, которые будут задаваться». Также и Алессандро Поликрето, бывший адвокат, которого Меноккио случайно встретил в доме своего друга, лесоторговца, советовал ему по доброй воле предстать перед судьями и признать себя виновным, но заявить при этом, что сам никогда не верил собственным еретическим утверждениям. Меноккио отправился в Маниаго по вызову церковного суда. Но днем позже, 4 февраля, ознакомившись с материалами следствия, инквизитор, францисканский монах Феличе да Монтефалько, распорядился взять его под стражу и «в оковах» препроводить в тюрьму инквизиции в Конкордии. 7 февраля 1584 года Меноккио был подвергнут первому допросу.
Не считаясь с полученными советами, он сразу проявил значительную словоохотливость. При этом, однако, он попытался несколько смягчить ту неблагоприятную картину, которую создавали показания свидетелей. Так, признав, что двумя или тремя годами ранее у него были сомнения в непорочности Богоматери, которыми он делился с различными людьми, он пояснил: «это правда, что я многим говорил такие слова, но я никого не призывал так веровать, а говорил я так: «Хотите я покажу вам путь истины? Делайте добро и идите по пути, указанному предшественниками, и это то, чему учит святая наша мать церковь». Но это мной говорилось во искушение, потому что я так думал и хотел научить других; это во мне говорил нечистый дух, он принуждал меня так думать и так говорить с другими». Такими высказываниями Меноккио только подтверждал тот факт, что он претендовал в своем селе на роль духовного наставника и учителя жизни («Хотите я покажу вам путь истины?»). А еретическое содержание его проповедей выступило во всей очевидности, когда Меноккио изложил судьям свою диковинную космогонию, о которой до тех пор они имели представление лишь по показаниям свидетелей.
«Я говорил, что мыслю и думаю так: сначала все было хаосом, и земля, и воздух, и вода, и огонь — все вперемежку. И все это сбилось в один комок, как сыр в молоке, и в нем возникли черви и эти черви были ангелы. И по воле святейшего владыки так возникли Бог и ангелы; среди ангелов был также Бог, возникший вместе с ними из того же комка; он стал господом и у него было четыре капитана, Люцифер, Михаил, Гавриил и Рафаил. Этот Люцифер захотел стать господом подобно тому владыке, который был царем и Богом, и за его гордыню Бог прогнал его с неба со всеми его присными и приспешниками. И Бог затем создал Адама и Еву и много других людей, чтобы заполнить места изгнанных ангелов. Но все они не исполняли его заповедей, и тогда Бог послал к ним своего сына, и евреи его схватили, и он был распят». И добавил: «Я никогда не говорил, что его повесили как скота» (это было одно из обвинений: впоследствии Меноккио признал, что, возможно, что-то в этом роде и говорил). «Я говорил только, что его распяли, и тот, которого распяли, был один из божьих детей, потому что все мы божьи дети и того же естества, что и распятый; он был такой же человек, как и мы, но более важный, как сейчас, к примеру, папа — такой же человек, как мы, но более важный, потому что может приказывать; тот, которого распяли, родился от Иосифа и Марии-девы».