Столкнувшись во время следствия со странными показаниями свидетелей, генеральный викарий спросил сначала, «всерьез» все это говорил Меноккио или «в шутку», а затем — в своем ли он уме. В обоих случаях ответ был категорический: Меноккио говорил «всерьез» и был «в своем уме..., не помешанный». После начала допросов уже один из сыновей Меноккио, Заннуто, стал по совету некоторых друзей отца (Себастьяно Себенико и некоего отца Лунардо) ссылаться на его «помешанность» или «одержимость». Но викарий не обратил на это внимания, и процесс продолжился. Была возможность занести идеи Меноккио, и в частности, его космогонию (сыр, молоко, черви-ангелы, Бог-ангел, возникший из хаоса), в разряд нечестивых, но в сущности безобидных чудачеств, но этой возможностью не воспользовались. Век или полтора века спустя Меноккио скорее всего оказался бы в сумасшедшем доме с диагнозом «религиозный бред». Но в разгаре Контрреформации способы изоляции были другими и сводились в основном к распознаванию и подавлению ереси.
Оставим на время космогонию Меноккио и проследим за ходом процесса. Когда Меноккио оказался в тюрьме, Заннуто, его сын, приложил немало стараний, чтобы облегчить его положение: он заручился услугами стряпчего, некоего Трапполы из Портогруаро, съездил в Серравалле и говорил с инквизитором, добился от коммуны Монтереале прошения в пользу Меноккио, которое послал стряпчему, обещая, если потребуется, раздобыть и другие свидетельства добронравия обвиняемого. «А если есть надобность удостоверить, что сказанный узник ходил каждый год к исповеди и причастию, то это могут сделать наши приходские священники; также в случае надобности коммуна Монтереале может удостоверить, что он был подеста и управляющий пяти деревень, что был старостой прихода Монтереале и честно исполнял свою должность и что он собирал общинные подати». Кроме того, вместе с братьями Заннуто принудил того, кто в его глазах был главным виновником всех этих несчастий, а именно священника Монтереальского прихода, написать (Заннуто был неграмотным) письмо Меноккио, заключенному в тюрьму инквизиции. В письме содержался совет выказывать «во всем покорность святой церкви» и утверждать, что «вы не верили и никогда не станете верить иначе, чем учит Господь Бог и святая церковь, и желаете жить и умереть в христианской вере, как учит святая римская католическая и апостолическая церковь, и готовы, если нужно, отдать жизнь и даже тысячу жизней во имя Господа Бога и святой христианской веры, ибо и сама жизнь и все блага ее даны вам святой матерью церковью...» Похоже, что Меноккио не признал в письме руку своего врага, приходского священника, и считал его автором Доменего Феменусса, торговца шерстью и дровами, бывавшего у него на мельнице и иногда одалживавшего ему деньги. Но следовать советам, содержавшимся в письме, ему было явно не по нутру. В конце первого допроса (7 февраля) он воскликнул в сердцах, обращаясь к генеральному викарию: «Господин, все то, что я говорил может по воле Бога, может по наущению диавола, я не знаю, правда это или ложь, но прошу милосердия и сделаю то, что мне скажут». Он просил прощения, но ни от чего не отрекался. На протяжении четырех длительных допросов (7, 16, 22 февраля и 8 марта) он прекословил викарию, не соглашался, вносил уточнения, спорил. «Явствует из дознания, — спрашивал, например, Маро, — что вы призывали не верить папе и постановлениям церкви и говорили, что у папы такой же авторитет, как и у всякого человека». Меноккио отвечал: «Я призываю Бога всемогущего поразить меня на месте, если я когда-нибудь говорил то, о чем ваше преподобие спрашивает». А правда ли, что, по его словам, от заупокойных служб нет никакой пользы? (По свидетельству Джулиано Стефанута Меноккио, возвращаясь как-то от мессы, сказал следующее: «зачем горстке праха нужны все эти пожертвования?»). «Я говорил, — пояснил Меноккио, — что надобно делать добро, пока ты на этом свете, а что будет потом с душами, это в руках Господа Бога, потому что молитвы и пожертвования и мессы, которые служатся за мертвых, все это делается ради любви к Господу, а он уж творит то, что ему угодно; душам все эти молитвы и милостыня ни к чему, это Бог решает, пригодятся ли все эти добрые дела живым или мертвым». Меноккио, должно быть, считал, что ловко вышел из трудного положения, но на самом деле вступил в явное противоречие с учением церкви о чистилище. Недаром викарий из Польчениго, друживший с Меноккио с детских лет и наверняка знавший его хорошо, советовал ему «говорить поменьше». Но Меноккио явно не мог удержаться.
В конце апреля в ход процесса вмешалось неожиданное обстоятельство. Венецианские власти указали фра Феличе да Монтефалько, инквизитору Аквилеи и Конкордии, на необходимость следовать действующему на территории республики порядку, согласно которому в инквизиционном процессе должен принимать участие наряду с церковными судьями также и представитель светской магистратуры. Конфликтные отношения между двумя властями были здесь в порядке вещей. Не исключено, хотя и ничем не подтверждается, что за этим демаршем кроятся попытки адвоката Трапполы облегчить положение своего клиента. Так или иначе Меноккио был препровожден в Портогруаро, во дворец подеста, где ему предложили подтвердить полученные от него ранее показания. После этого процесс возобновился.
В прошлом Меноккио неоднократно заявлял односельчанам о готовности и даже желании изложить как светским, так и религиозным властям свои «убеждения» в вопросах веры. «Он говорил мне, показывает Франческо Фассета, — что если его привлекут за это к суду, то он не будет противиться, и если его будут преследовать, он много чего скажет о дурных делах тех, кто наверху». По словам Даниэле Фассета, «Доменего говорил, что кабы не страх за жизнь, он скажет такое, что всех приведет в удивление; я думаю, что он хотел говорить о вере». В присутствии подеста Портогруаро и инквизитора Аквилеи и Конкордии Меноккио подтвердил это показание: «Это правда, я говорил, что кабы не боязнь суда, я бы сказал такое, что всех бы привел в удивление; и еще я говорил, что, доведись мне повидать папу или короля или князя, я бы много чего сказал, и пусть меня потом хоть расказнят, мне это безразлично». Тогда ему предложили говорить свободно, и Меноккио отбросил всякую осторожность. Это было 28 апреля.