Спустя несколько месяцев в инквизицию поступил новый донос на Меноккио. Похоже, что какое-то его очередное богохульство вызвало возмущенные толки во всей округе, от Авиано до Порденоне. Дал показания трактирщик из Авиано, Микеле Турко по прозвищу Пиньол: по его словам, лет семь или восемь назад Меноккио заявил, что «если Христос был в самом деле Бог, он настоящий..., что позволил себя распять». «Он этого слова не произнес, — пояснил трактирщик, — но я понял, что он имеет в виду грубое слово... Когда я это услышал, у меня волосы встали дыбом, и я сразу заговорил о другом, чтобы ничего такого не слышать. Он для меня хуже турка». Меноккио, сделал он вывод, «крепко держится за эти свои прежние мысли».
Теперь уже не только жители Монтереале передавали друг другу высказывания Меноккио: известность этого мельника, которого даже тюрьма инквизиции не смогла вернуть на путь истинный, перешагнула границы его родной деревни. Его провокационные вопросы, его кощунственные остроты вспоминались и по прошествии многих лет. «Как это Христос или Господь Бог мог быть сыном Девы Марии, если эта Дева Мария была шлюхой?», «Как это Христос родился от Духа Святого, если он родился от шлюхи?», «Св. Христофор больше Бога, ведь он весь мир нес на себе» (любопытно, что такая же острота имеется в книге, которую Меноккио никак не мог знать — в сборнике эмблем, составленном болонским гуманистом Акилле Бокки и построенном на игре всякого рода вольнодумными двусмысленностями). «Я думаю, что он был исполнен дурных мыслей, и не говорил только из страха», — сообщал Заннуто Фассета из Монтереале, видевший Меноккио, когда тот «играл музыку». По-прежнему Меноккио не мог удержаться от искушения поговорить о религии с односельчанами. Однажды по дороге из Менинса в Монтереале он спросил у Даниеля Якомеля: «Как ты думаешь, что такое Бог?». «Не знаю», — ответил тот, смущенный и недоумевающий. «Это воздух и только». Он все время возвращался к былым своим мыслям, не желая признать себя побежденным. «А я тебе скажу: инквизиторы просто не хотят, чтобы мы знали то же, что и они». Сам же он чувствовал себя в силах им противостоять: «Я бы хотел сказать отцу инквизитору пару слов об «Отче наш» и посмотреть, каково ему придется».
На этот раз инквизиция решила, что с нее довольно. В конце июня 1599 года Меноккио был арестован и помещен в тюрьму в Авиано. Через некоторое время его перевели в Портогруаро. 12 июля он предстал перед инквизитором, Джероламо Астео, которому составляли компанию епископский викарий Конкордии, Валерио Трапола, и местный подеста, Пьетро Зане.
«Eductus e carceribus quidam senex...», отметил нотарий. С первого допроса в инквизиции прошло пятнадцать лет, три из них Меноккио провел в тюрьме. Он был уже стариком: худой, с седыми волосами, с седеющей бородой, одетый, как всегда, мельником — в светло-серую накидку и колпак. Ему исполнилось шестьдесят семь лет. После суда он чем только не занимался: «Я плотничал, держал мельницу, держал трактир, школу счета и письма для ребятишек, на праздниках играю на гитаре». В общем, старался удержаться на плаву, пуская в ход свои умения и способности — в том числе, грамотность, которая немало ему навредила. В самом деле, инквизитору, спросившему, привлекался ли он раньше к суду инквизиции, Меноккио ответил: «Меня вызывали... и спрашивали насчет «Верую» и насчет разных фантазий, которые меня посещали, потому что я читал Библию и голова у меня варит; но я всегда был добрым христианином и остаюсь им».
Желание выказать покорность — «фантазии» — сопровождалось, как обычно, горделивым сознанием своих интеллектуальных возможностей. Подробнейшим образом Меноккио рассказал, как он исполнял возложенные на него епитимии, сколько раз исповедовался и причащался, сказал, что покидал Монтереале только с разрешения инквизиции. Относительно покаянной накидки он дал такое объяснение: «Это правда, на праздники я иной раз надевал ее, а иной — нет, а зимой, когда приходилось работать в морозный день, я надевал ее всегда, но под низ». Дело в том, что, надевая ее, «я терял много из своих заработков, меня не так охотно звали на работу... потому что люди, увидев на мне этот наряд, принимали меня за отлученного от церкви, и поэтому я его не носил». Обращения в инквизицию не принесли результата: «мне не разрешили ее не носить».
Но когда его спросили, имелись ли у него колебания в вере, Меноккио не сумел солгать. Вместо решительного отрицания он фактически признался: «Мне много фантазий приходило в голову, но я не давал им веры и никому их не сообщал». Инквизитор продолжал настойчиво допытываться, «беседовал ли (Меноккио) с кем-нибудь о предметах веры и кто они такие были, и когда, и где». Меноккио ответил, что говорил кое с кем «о предметах святой и истинной веры, но в шутку, а с кем и когда и где не помню, хоть убей». Неосторожный ответ. «Как это вы шутили о предметах веры? Разве допустимо шутить о предметах веры? Что, по-вашему, значит «шутить»?» — «Ну..., я говорил всякие нелепицы», — едва вымолвил Меноккио. «Что за нелепицы? Выражайтесь яснее!» — «Я не помню».
Инквизитор настаивал. «Не знаю, — сказал Меноккио, — может быть, кто-то принял мои слова в дурную сторону, но я ничего противного вере не хотел сказать». Он пробовал защищаться. Нет, он не говорил, что Христу было не под силу сойти с креста: «Я думаю, что ему это было под силу». Он не говорил, что не верит евангелию: «Я думаю, что в евангелии содержится истина». И тут он опять допустил ошибку: «Да, я говорил, что священники и монахи, из тех, что учились, написали евангелие именем Духа Святого». Инквизитор вне себя от негодования: он что, действительно, такое говорил? когда?, где?, кому?, что это за монахи? Меноккио, упав духом: «Откуда же мне знать, я не знаю». — «А почему вы это сказали, раз не знаете?» — «Дьявол иногда подзуживает и говоришь незнамо что...»